L'assetto organizzativo dell'Istituto è disciplinato dalla L. Regione Toscana n. 43/2004, dallo
Statuto dell'Istituto degli Innocenti approvato con Decreto del Presidente della Giunta Regione Toscana n. 115 del 5 luglio 2005 e dal
Regolamento di Organizzazione approvato con Decreto del Presidente della Giunta Regione Toscana n. 263 del 28 dicembre 2006.
I principali criteri cui si ispira l'organizzazione dell'Ente sono l'attuazione del principio della distinzione fra responsabilità politiche di indirizzo e di controllo degli organi di direzione politica e responsabilità gestionali della dirigenza; la valutazione prioritaria assegnata alle funzioni di programmazione, coordinamento, indirizzo e controllo; l'articolazione delle strutture organizzative per funzioni omogenee; la massima integrazione e cooperazione tra le varie articolazioni organizzative.
Sono organi dell'Istituto il Presidente, il Consiglio di Amministrazione ed il Collegio dei Revisori dei Conti.
Il Presidente e il Consiglio di Amministrazione sono gli organi di governo dell'Istituto, cui spetta cioè determinarne l'indirizzo politico amministrativo.
Il Presidente, eletto dal Consiglio di Amministrazione tra i membri di nomina regionale, è il legale rappresentante dell'Istituto ed assicura con la sua opera l'unità di indirizzo dell'Amministrazione. Il Presidente raccorda l'attività del Consiglio di Amministrazione con quella delle strutture organizzative avendo come referente il Direttore Generale.
Il
Consiglio di Amministrazione è composto da cinque membri, di cui tre nominati dalla Regione, uno dal Comune di Firenze ed uno dalla Provincia di Firenze. Esso esercita le funzioni di indirizzo dell'attività dell'Ente, definendo gli obiettivi ed i programmi pluriennali ed annuali da attuare ed impartendo direttive generali a cui la dirigenza deve attenersi nell'esercizio delle proprie azioni; esercita inoltre le funzioni di controllo dell’azione amministrativa e gestionale dell’Istituto, verificando la rispondenza dei risultati dell’attività amministrativa e della gestione agli indirizzi impartiti.
Il Collegio dei Revisori è composto da tre membri, due nominati dal Consiglio Regionale e uno dal Consiglio di Amministrazione. Tutti i membri sono scelti fra gli iscritti al Registro Nazionale dei Revisori Contabili. Compito del Collegio è vigilare sulla gestione contabile e finanziaria dell'Istituto, assicurando collaborazione al Consiglio di Amministrazione al fine di garantire la regolarità contabile e finanziaria della gestione stessa.
Il Consiglio di Amministrazione nomina il Direttore Generale, cui compete supportare gli organi di governo nella fase di definizione delle strategie dell'Ente e coordinare l'attività dei Dirigenti. Il Direttore Generale è responsabile del raggiungimento degli obiettivi programmati dal Consiglio di Amministrazione, della realizzazione dei programmi e dei progetti attuativi e del loro risultato, nonché della gestione finanziaria, tecnica ed amministrativa dell'Istituto, incluse le decisioni organizzative e di gestione del personale.
Il Direttore Generale si colloca al vertice della struttura organizzativa dell'Istituto, espletando le proprie funzioni in posizione gerarchica sovra ordinata rispetto a tutti i Dirigenti dell'Ente, che a lui rispondono.
La struttura organizzativa dell'Istituto si articola in Aree e Servizi, strutture permanenti che assicurano l'esercizio di funzioni ed attività di carattere istituzionale e/o continuativo, ed in Coordinamenti funzionali ed Unità di progetto, strumenti a carattere temporaneo connessi alla realizzazione di programmi o progetti a termine di particolare rilevanza strategica. Le Aree rappresentano le unità organizzative di massimo livello, al cui interno si svolge un insieme di attività richiedenti unitarietà di progettazione, di programmazione, di organizzazione e di controllo gestionale. A ciascuna Area è preposto un dirigente, denominato Direttore, previa l’attribuzione del relativo incarico da parte del Consiglio di Amministrazione.
Le Aree a loro volta sono articolate in Servizi, che sono unità organizzative svolgenti attività gestionali omogenee, cui di regola è preposto un responsabile a ciò incaricato dal Direttore dell'Area.
I Coordinamenti funzionali sono strumenti di integrazione istituiti al fine di soddisfare esigenze di integrazione organizzativa fra le diverse Aree, ovvero esigenze di supporto professionale altamente qualificato al servizio di una o più Aree.
Le Unità di progetto sono strumenti organizzativi temporanei che possono essere istituiti per l'attuazione e il monitoraggio di programmi, progetti o obiettivi di particolare interesse per l'Ente in quanto caratterizzati da innovatività e/o strategicità.
